L'Escola Magòria és una cooperativa d'ensenyament. Aquest fet implica que tant el personal docent, com el personal d'administració i serveis, com els pares i mares dels alumnes matriculats, en són socis/es i, per tant, poden participar activament en la gestió de l'escola.
A diferència d'altres centres escolars, a l'Escola Magòria no hi ha una associació de mares i pares (AMPA) encarregada de tasques com la gestió del menjador o les activitats extraescolars. Existeixen, això sí, altres òrgans que desenvolupen aquestes feines.
L'òrgan de representació i govern de la societat és denomina Consell Rector, també conegut com la Junta, que es reuneix cada quinze dies durant el curs. Té competència per establir les directrius generals d'actuació del centre, amb subordinació a la política fixada per l'Assemblea General, que és oberta a tots els socis i que es reuneix un parell de vegades a l'any.
El Consell Rector està actualment format per un nombre d'entre 7 i 11 membres, escollits tots ells entre els socis.
El càrrec de membre del consell té una durada de quatre anys, amb possibilitat de reelecció, i el seu exercici no és retribuïble econòmicament.
Formen part del consell les mares i els pares, els mestres i el personal no docent. Tot i així, qualsevol persona de la cooperativa pot venir a una reunió i exposar les seves opinions, els seus dubtes, les seves queixes o els seus suggeriments sempre que vulgui.
Durant el curs els membres del Consell Rector es trobem els primers i tercers dimarts de cada mes a l'edifici de primària a les vuit del vespre. En aquestes reunions es pot tractar tant de les obres que s'han de dur a terme als dos edificis que ocupa l'escola, com dels armaris que s'han de col·locar a la cuina, o si s'ha d'adquirir una màquina de fotos o una de vídeo. Igualment, es fa un seguiment de les activitats extraescolars i es parla del funcionament del centre, tot i que és l'equip docent l'encarregat de fixar la línia pedagògica i l'organització dels cursos. No obstant això, els pares i les mares exposen obertament les seves opinions.
A més, els pares i les mares que ho desitgin poden formar part de les diferents comissions de l'escola, que enguany, entre d'altres, hi ha les de la revista OPQ, la de menjador, l'Agenda 21 o la de temes immobiliaris.